Я так понимаю, что это просто разрешительная связка "~te mo iidesu" (15 урок) в прошедшем времени. "ii" в прошедшем времени превращается в "yokatta" (12 урок).

Поэтому перевод действительно примерно такой: "Только в Нагасаки можно было заходить <иностранным кораблям>".