Вообще, различие всё-таки в том, что когда вы вопрос выносите в начало предложения (в данном случае どなた), то тогда ставится が, таким образом выделяя именно эту информацию. Второй вариант некорректен. Если вы хотите использовать は, то нужно по-другому строить предложение: 先生はどなたですか。В принципе, особой разницы при переводе нет, просто в первом случае акцентируется внимание на конкретном человеке, а во втором особого акцента нет, сойдет любой, подходящий по описанию человек.